Parmi ses missions, la Fédération est chargée de la protection et de la mise en valeur des milieux aquatiques.

A cet effet, le Pôle Technique mène différentes études et suivis des populations sur le terrain :

• Etudes génétiques de la faune aquatique
• Observatoire piscicole
• Prospections de poissons et d'écrevisses
• Suivis thermiques des eaux

et réalise des actions de restauration des milieux :

• Suivis des travaux : restauration des habitats aquatiques et aménagement des berges